Ordningen trådte i kraft med virkning fra 1. januar 2004.
Transportstøtteordningen vil gjelde for fylkene Troms (med unntak av kommunene i tiltakssonen) og Nordland, samt kommunene innenfor det distriktspolitiske virkeområdet i fylkene Nord-Trøndelag, Sør-Trøndelag, Møre og Romsdal, Sogn og Fjordane og 13 kommuner i nordlige deler av Hedmark og Oppland.
Enkelte av de områdene som regjeringen ønsket å gi transportstøtte til ble imidlertid ikke godkjent. Heretter ble det ikke akseptert av ESA å inkludere kommunene Herøy, Hareid, Ulstein og Aukra i Møre og Romsdal i virkeområdet for transportstøtte. Dette begrunner ESA med at disse kommunene i dag ligger utenfor det generelle virkeområdet for de distriktspolitiske virkemidlene, og at regelverket ikke gir hjemmel for å inkludere kommuner utenfor dette virkeområdet i transportstøtteordningen.
Regjeringen har tidligere fått gjennomslag for at det fremdeles skal være nullsats for tiltakssonen. Kommunene innenfor tiltakssonen omfattes derfor ikke av transportstøtteordningen.
